与会专家指出，中医药整体化研究的核心问题是要通过中医药理论和现代科技相结合，研究揭示中药（扰动体系）与机体（应答体系）两个复杂系统之间相互作用的规律。化学物质组学为系统整体地表征复杂扰动体系的特征及其与机体应答网络之间的关系提供了方法支持，整合化学物质组学的整体系统生物学对中医药的整体化研究将起到推动作用。代谢组学把人体作为一个完整的系统，研究人体代谢网络在疾病和药物作用下的变化规律，此方法可作为评价中国传统中医中药的整体性疗效的重要手段之一。

    由于肠道菌群组成复杂，要正确理解其在中药代谢中的作用，必须引入系统生物学的思路和方法。根据每个人体与健康人群所在的健康空间的距离以及是否向健康空间移动的趋势，可以对药物干预下人体的健康状况的变化趋势做出判断，从而实现对复杂药物成分作用的整体评价。同病异治，异病同治是中医的特色，这和不同的表型与基因型的关系正相吻合，应抓住中医证候某一时点的变化，重视整体表征的特征。通过组学的研究，勾划生物特征图谱，有可能找到证候研究的规律。但面对大规模的生物信息，如何进行整合，是尚待探讨解决的问题。

    与会专家提出，在研究中要认真思考和把握系统生物学与中医学的整体观念是否为同一概念，系统生物学的研究方法是否都适合于中医学，要重视研究对象微观和宏观的规律。要研究两者如何结合，系统生物学方法怎样用得最合理，用得最好，而不应仅仅是标签化。要在借鉴的基础上形成自己的方法，在还原论的基础上进行系统整合。

    复杂性系统科学方法与中医药的发展

    生命是一个复杂的、整体化和网络化的系统。从系统观、信息结构、复杂性的角度，探索生命现象与疾病本质已成为国际生命科学领域的前沿和热点。复杂科学是在以还原论为纲领的经典科学正走向以系统论、整体论为基础的大科学时代的背景下，研究对象的复杂性及复杂系统的科学。其研究方法是还原论和整体论相结合、科学推理下定量分析和哲学思辨中定性判断相结合的方法，研究层次注重揭示客观事物演化的历程及其单元间的关系。从整体论出发，以复杂系统等研究方法为手段，结合中医药学研究的实践以及疾病的复杂现象和复杂性特点，探讨复杂系统研究的创新思维和研究方法，为研究现代医学模式和中医药学提供了可能的新思路和新的方法论。

    与会专家认为系统科学理论与中医基础理论有着共同的哲学基础，为采用复杂性科学的思维和方法研究中医药学开辟了新的途径。中医学既不属于自然科学也不属于社会科学和思维科学，而是既涉及自然科学又涉及社会科学和思维科学的一门整体科学。它的整体科学性不仅体现在以整体观统摄全局、贯彻始终，而且体现在将许多学科有机地结合在一起。对中医理论的理解常常有赖于研读者的“悟性”。中医学证候分类的依据是中医四诊信息，包括症状、体征、舌脉象等。在中医临床诊疗中是能够找到规律的。目前的难点是如何把规律表述出来。在探讨复杂系统问题的有效模式和手段研究中应重视病、证、效结合模式，定性分析与定量分析相结合，规范研究与实证研究相结合的方法，从而推动中医药学的发展。

    与会专家提出，中医学是个复杂系统科学，这与生命的复杂性相对应，研究中先要充分了解人这一复杂体系的各个部分。现在西方的系统生物学还是建立在还原论的基础上，与中医学的整体论还是不同的，二者不能等同对待。

    系统生物学的思路和方法在中医药研究中的运用

    中医学的整体观从本质上具有系统科学思想，是传统的“系统医学”。只有在系统层面上深入研究和应用，中医药的特色才能更为合理地得到继承、阐释与发扬。当前中医药现代化研究受到了方法学的制约。系统生物学是以整体性研究为特征的一种大科学，是研究一个生物系统中所有组成成分（基因、蛋白质、代谢物等）的构成，以及在特定条件下这些组分间的相互关系的学科。中医学就是把人体视为一个系统，通过测定和改变系统的输入和输出来调节系统的状态。系统生物学的思路与中医整体观相一致，为中医药研究提供了一个可借鉴的方法。与会专家以具体研究为例交流了用系统生物学思路进行的研究工作，如对肾阳虚证本质的研究等。