在上海举行的“中医药产业发展和知识产权战略论坛”上，国家知识产权局专利局化学部部长张清奎指出，我国中医药专利申请方面目前存在五大问题。
 
    一是创新能力低。在国际中草药市场上，日本和韩国占到了80％－90％的市场份额，而其原料的70％－80％来自我国。而我国所有的4000多种制剂,所占的国际市场份额仅为3％－5％。

    二是申请数量少。目前，全国每1万家医药企业的专利申请数量约为19.68件，多数中药企业还没有专利申请。

    三是非职务申请比例高。据统计全国医药专利的65％为非职务申请，其中，中药领域的非职务申请比例更是高达78％。而在国外的医药专利申请中，非职务申请一般不超过5％。
 
    四是申请国外专利少。2003年国内发明专利申请共计56769件，其中国际专利申请数为1165件，仅占2％；而中药领域的国际专利申请仅占国内专利申请的0.6％。
 
    五是由于一些其他问题的影响，中药出口困难。比如有些药材的重金属含量超标；农药残留量超标；原料和工艺不成熟导致质量不稳定；成分和机理不清，外国患者不接受等。
 
    张清奎进一步指出，造成这些问题的原因至少有四方面：一是企业只重视销售、商标和广告投入，而忽视了研发和专利；二是部分企业盲目认为行政保护可以代替专利保护；三是部分企业认为技术保密可以替代专利保护；四是科研人员只重视发表论文，忽视专利申请。北京、山东、河南、陕西、吉林五省市的调查结果显示，“九五”期间，研究人员共发表论文202348篇，申请专利4594件，论文发表与专利申请之比为44：1。