方剂与证的“方证对应”是方剂的药效学原理。《景岳全书．新方八略引》讲得明白：“补方之制，补其虚也。”“和方之制，和其不和者也。”“攻方之制，攻其实也。”“用散者，散表证也。”“寒方之制，为清火也，为除热也。”“热方之制，为除寒也。”“固方之制，固其泄也。”在临床上，这一原理具体化为“方从法出，法随证立”、“方因证立”、“有是证，用是方”、“随证加减”，是每个医家都遵循的普遍法则。
方剂学的分类遵循并体现着方证对应原理，形成方剂分类体系与辨证论治体系相表里的严密关系。八纲辨证有阴阳、寒热、虚实、表里，方有滋阴壮阳、祛寒清热、补虚泻实、解表攻里等剂相应，脏腑辨证有五脏、六腑之证，方有疏肝、泻心、归脾、清肺、补肾、和胃、利胆等剂相应；六经辨证有太阳、阳明、少阳、太阴、少阴、厥阴之证，方有桂枝汤、白虎汤、柴胡汤、四逆汤、真武汤、乌梅丸等以对，等等。
方证对应的典型形式是特定方与特定证之间的定型性对应关系，以方剂命证名，把某些称之为某“汤证”。如桂枝汤证、麻黄汤证、白虎汤证、承气汤证、小柴胡汤证等等。
“因证论效”与“以病论效”是两种不同的药效学原理，有些研究往往舍中医之“证”从西医之“病”，舍“药证对应”从“药病对应”，舍“因证论效”从“以病论效”，临床治疗甚至把“方因证立”变成“方因抗菌消炎而立”，其结果当然有违中医药本旨。
需要指出，按照“以病论效”原理来研究中药和方剂，可以开发中药和方剂的新的治疗领域，发挥更广泛的作用，有利于走向世界，几十年来的实践已经证明了其积极意义。从“大医药”的观点来看，是可取甚至是势在必行的。但是，这毕竟只是中药和方剂发挥作用的一个方面，中医药几千年形成的与辨证论治相统一的“因证论效”是更基本的方面，包含着更深刻的机制和规律，具有更高的临床价值和科学价值。作为中医药学的中药和方剂研究，首先需要注意和强调这方面的研究，集中力量在这个方向上进行开拓和突破。这就要求中药和方剂研究要同时研究辨证论治，要把中药和方剂的现代研究与辨证论治表里统一起来。
3 中介调理与特异治疗
中药和方剂对“证”的调理作用与西药的特异治疗作用有着重大差别，一般是非特异性的，在方药与其所呈的疗效之间，经过了若干起转化作用的中介环节，是一种“中介调理”原理。
需要肯定，不仅中药的许多有效成分，而且许多中药，往往具有一定或明确的特异性药理作用，中医临床证治有时也用这种作用。但是，从整体和主流来看，辨证论治所运用的主要不是方药的这种特异作用，不像西药那样对病因、病理直接起特异性治疗作用，而是通过若干中介环节，特别是调动和发挥机体内在的自主调节作用，对服入的药物进行转化，或对药物的作用效应进行转化，由此再产生出新的效应，才呈现为治疗功效，这种药效是非特异性的。
张景岳曾对这种中介调理机制作过精彩概括：“凡治病之道，攻邪在乎针药，行药在乎神气。故治施于外，则神应于中，使之升则升，使之降则降，是其神之可使也。若以药剂治其内而脏气不应，针艾治其外而经气不应，此其神气已去，而无可使矣。”
中介调理是中药和方剂区别于西药的更深刻的特色，以下几点特别值得研究和开发。
3.1 对药物本身的转化
中药进入体内经过消化道，其过程不只是西药药理学已注意到的运转、吸收、分布、排泄，还有许多重要的转化过程，不少环节现在还认识不清，已发现消化道微生物是进行转化的一个重大环节。
研究发现，各类中药含有大量的甙类物质，人体的酶不能分解它们，不能为人体直接吸收利用，而肠道下部的微生物依靠自己的分解酶来分解甙类物质，产生糖为己所用，同时把甙类物质所含的活性物质分解出来才发挥药效作用。如大黄、番泻叶所含番泻甙，芦荟所含芦荟甙，口服后几乎都不被吸收，也不被胃酸和消化酶所分解，而是经肠道微生物分解酶的作用，才产生出真正的泻下活性成分。而且，不同的菌种有不同的分解酶和不同的分解对象，有的菌种有选择地分解番泻甙，有的菌种有选择地分解芦荟甙。动物实验发现，由于大鼠肠道菌群与人不同，芦荟甙通常对大鼠或无菌大鼠无效；若使无菌大鼠单一感染人的代谢菌，则芦荟甙会引起其剧烈腹泻。其他如甘草甙、黄芩甙、芍药甙等的研究也都有类似结果。
研究发现，多数清热解毒药物体外实验虽能抑菌，但有效浓度很高，而在体内很难达到这样的高浓度；有的药物体外抑菌作用不明显，但在体内可转化成抑菌物质(如板蓝根、大青叶的靛棕、吲哚甙转化为尿蓝母)；穿心莲、金荞麦、白花蛇舌草无论在体外或在体内均无明显抑菌活性，却可治疗感染性疾病；穿心莲水溶性黄酮部分体外抑制痢疾杆菌力较强，但对痢疾患者却无效，抑菌力很弱的内酯部分的疗效反而明显；同一种药物对不同的病原体或同一病原体的不同时期，治疗效果有很大的差别。
这些情况提示，中药的许多临床疗效是通过肠道微生物的转化才发挥的，认识和掌握肠道微生物对中药的转化作用，应当作为方药功效学研究的一个突破口。
