方剂的现代研究已经证明，方剂的整体功效“大于”方内诸药的功效或其相加和。例如，交泰丸由黄连、肉桂组成，实验证明该两味药对大脑皮层和中枢神经均无兴奋和抑制作用，但相伍为方却能“交通心肾于顷刻”，主治心肾不交之失眠。茵陈蒿汤由茵陈、栀子、大黄组成，实验证明只有栀子略有收缩胆囊的作用，但该方却有强烈收缩胆囊的作用。拆方研究的大量事实证明，方剂与方内诸药之间的这种“整体大于部分之和”的关系是普遍的，因而原则上不能把方剂的整体功效分解、归结为方内诸药之功效或其相加和。
中药同样如此，中医注重的四气、五味、升降沉浮、归经等，是每一味中药的整体属性、功能、行为，对中药进行分离、提纯的研究也已证实，中药的这些性能都难归结为一种或几种有效成分的理化属性或药理作用。
整体功效不是凭空产生的，有其物质基础，应当也能够找到它。认清物质基础对于阐明整体功效及其本质有重要作用。但是，物质基础仅仅是物质基础，它不是整体功效本身，更不是整体功效的本质，也不能直接解释整体功效。
为便于理解，不妨借用更简明的例子：浓盐酸、浓硝酸是王水的物质基础，但这两种酸本身并不具有溶化黄金的功效。原子是构成分子的物质基础，但原子本身并不具有也不能解释分子的性能。同素异性体由同一种元素构成不同的单质分子，物质基础相同但性质不同，如石墨和金刚石，前者硬度为1，导电、传热，后者硬度为10，不导电、不易传热，它们都是由碳原子构成，但提纯到碳原子并不能说明这种差别。同分异构体更是如此，如甲醚和乙醇的性质完全不同，但其分子式都是C2H6O，构成分子的原子完全相同，提纯到原子水平不能说明分子水平的差别。生命的物质基础是蛋白质和核酸，但这两类大分子本身并不是生命，只有这两类大分子相互作用形成一种特定的统一体时，才产生出自我更新、自我复制、自我调节的生命现象。燃烧现象的物质基础是可燃元素和氧，但提纯到可燃元素和氧并不能解释燃烧现象及其本质，燃烧的本质是氧化反应。热现象的物质基础是分子等微观粒子，但提纯到这些微观粒子并不能解释热现象及其本质，热的本质是这类微观粒子的混乱运动。
在一定的物质基础之上所以产生出物质基础本身所不具有和不能解释的新现象，在于物质基础参与了相互作用，其性能通过相互作用发生了转化(量变、质变)；通过相互作用形成了特定结构，以结构为载体产生出新的属性、功能、行为。例如，浓盐酸与浓硝酸之间的混合作用，由原子化合而成的分子结构，蛋白质与核酸的耦合关系，可燃元素与氧的氧化反应等等。
相互作用、结构是在物质基础之上形成上一个层次的新的性能的决定性环节，是新的整体性能的载体和根据。对于中药和方剂来说，相互作用和结构是其整体功效的载体和根据。方剂的物质基础是方内各药，方剂的整体功效所以不同于方内各药的功效或其相加和，在于其“君臣佐使”结构和“七情合和”相互作用，这是方剂整体功效的载体，但拆方研究恰恰把它拆掉了。中药同样如此，四气、五味、升降浮沉、归经等是中药的整体性能，它当然都有其物质基础，迟早会把它们认识清楚，但不可能把寒热温凉、辛甘酸苦咸等归结为作为其物质基础的某些物质成分的理化性质和药理作用，中药的这些整体性能的载体是由这些物质基础参与的相互作用和形成的结构。
中药和方剂研究不但要弄清其整体功效的物质基础，更要弄清这些物质基础参与了什么相互作用，形成了什么结构，这些相互作用和结构怎样产生和负载了整体功效。相互作用和结构是沟通整体功效与成分功效的桥梁，是“不惟成分论”所应认识和把握的主要环节，在对物质基础和成分功效有了一定研究之后，应当“回过头来”研究和破解中药和方剂整体功效的载体和根据。
2 因证论效与以病论效
在药效学上，中药与西药有不同的判定根据和标准。西药是根据对西医之“病”的治疗作用来判断，可称为“以病论效”；中药和方剂则是根据对中医之“证”的治疗效应来判断，是一种“因证论效”原理。
“因证论效”区别于“以病论效”的特点主要有二：第一，方药的作用对象是“证”而不是“病”，根据方药对“证”所起的疗愈效应来认识和论定其功效，方药的特定功效与“证”的特定性质相对应，是“药证对应”、“方证对应”、“方因证立”。第二，对于方药的功效判定，不是在实验室中根据其物质成分、理化性质、药理作用来论定，而是在辨证论治使用方药的实践中，以对“证”的临床治疗效应来论定，即“愈疾之功，非疾不能以知之”，是“因证识药”、“因证论效”。
中药与证的“药证对应”是中药的药效学原理，这与西药药效学的构效原理有着原则性差别。中药学对药性、药理的研究和认识，以“药证对应”为选择和评价标准。寒、热、温、凉“四气”是“气证对应”的，证有阴、阳、寒、热、虚、实，药也有阴、阳、寒、热、补、泻，以药之寒纠证之热，以药之热纠证之寒，或以药补虚，以药泻实等等。辛、甘、酸、苦、咸“五味”是“味证对应”的，辛味的发散、行气、行血作用，甘味的补益、和中、缓急作用，酸味的收敛、固涩作用，苦味的泄和燥的作用，咸味的软坚散结、泻下作用等，都是与特定的“证”相对应的。
中药学对中药的性味、功效的说明、分类，是以药证对应关系为根据或标准的，现行的分类如解表药、清热药、理气药、止血药、补气药、补血药、补阴药、补阳药，是药证对应关系的体现。
