以方剂作为研究的重点对象，将方剂的配伍理论作为研究的核心内容，揭示方剂治病的物质基础和作用机理为创新中药复方理论奠定基础是《方剂关键科学问题的基础研究》这一国家重点基础研究项目的主要内容。采用现代科学技术的方法与手段，进行方剂的现代研究，必须在方剂的药效与药代动力学方面认真去探索，以此加强复方物质基础研究，解决多组分、多靶点整体综合调节作用的相关理论问题。

    1、复方剂量配比的研究

    剂量配比问题是方剂研究的基础和出发点。刘俊等[1]采用均匀设计法筛选处方，以中药的有效部位作指示成分来控制生产投料量，使制剂具有较为稳定的疗效基础，从而增加中药药理可信度和重复性。筛选出的处方可以是有效部位的组方，也可遵从中医复合汤剂的特点，按有效部位确定药材投料量，或者对药材成分或有效部位规定一个限量，此时药方的剂量配比就更具有明确性对处方药材的投料量有了新的含义，中药的疗效相对稳定就有了较为可靠的基础。因方剂运用时剂量变化对于其功效的影响，早已为历代医家所认识，并予以高度关注，故而有“汉方不传之秘在量上”之说，研究方剂必须强调其量效关系。通过方剂配伍的量效关系的研究为临床用药剂量提供依据和思路具有重要的现实意义。方剂中药物不变，药量改变，也会引起配伍关系的改变，以至主治及功能的变化。实验研究中亦证实了药量似的重要性，同时也发现有些方剂的最佳使用药量与传统用药量不一致[2]。

    2、方证关联的研究

    证候和方剂是中医理论基础和临床体系的重要支撑。方随证变，是中医辨证治疗的核心，也是中医治疗学的一大特色。证是施方的根据，是立方的基础，即有是证，用是方。证与方既是对应的，又是千变万化的，因此必须准确把握每一个证的特征及其演变转化，才能达到“药随病为转移，方随证为转移”之目的。利用证候和方剂理论治疗疾病有效已为几千年临床所证实。在中医辨证论治体系中，方证相应流派及方法一直为临床治疗所接受，有是证用是方即源于此。临床用方离不开证，则方证之间必然存在一种特殊的对应关系。

    从科学发展及临床治疗要求来看，中医学的确需要构筑一种全新的方证论治体系，这个体系应从宏观到微观，从抽象到具体，从定性到定量，从模糊到精确的辨证论治体系。这一要求，与复杂系统所特有的科学理论、专家经验和定量分析不谋而合，利用复杂系统理论方法研究方证就成为必要，也同时成为可能[3]。

    在广泛展开的方剂药效验证后，许多学者开始考虑中医方剂中的方证相关的特性，注意药理学指标选择与方证内涵的联系，从而划清了一般药理与方剂药理的界限。随着研究的深入对方剂的制方理论及配伍规律在现代科学意义上得到进一步阐明，中医病机以及病证模型的研究将为方剂效用机理的探讨提供有力的工具，中医方剂研究将具有更明显的中医特色；方证相关的研究将在方剂与基础理论、方剂与临床交叉方面产生新的课题，使临证“化裁成方”的处方模式向灵活运用方药理论和经验的“直接遣药组方”模式转变成为可能[4、5]。

    方证对应的典型形式是特定方与特定证之间的定型性对应关系，按照“以病论效”原理来研究方剂，可以开发方剂的新的领域，发挥更广泛的作用，有利于走向世界，但“因证论效”是更基本的方面，包含着更深刻的机制和规律，具有更高的临床价值和科学价值。因此对方剂进行现代研究的同时要与辨证论治表里统一起来。根据方药对“证”所起的疗效来认识和论定其功效，方剂的特定功效与“证”的特定性质相对应；另外，对于方剂功效的判定，是以对“证”的临床治疗效应来论定[6]。

    3、中药复方化学研究

    由于方剂的水溶液中常含有多种化学成分，其在提取、分离及体内代谢过程中发生多种化学反应，而这正是传统中药复方的独特疗效所在。研究方剂煎液中各种有效、无效成分的组成、存在状态、复合物的稳定性以及各种成分的化学动力学变化，能使化学研究更接近方剂的组成，加深对方剂的认识。对方剂组成的实验研究证明，很多被研究的方剂其全方作用优于其组成的任何单味药，减去其中某一味药会影响全方功效，方剂中药味及其用量大小常是实现功效的最佳配比，多组分的功效优于单组分、单一化合物的功效，提示多组分复合使用有其优点和特点。以各种单体或络合物模拟处方，使复方大大简化，质量控制更加简便可行，并保持复方的药效。这应该是更符合中药复方本身特点的中药研究[7]。方剂是药物通过有机的配伍而组成，绝不是简单的单味药相加，所以复方的物质基础研究也应该体现整方的化学研究。可见，在研究复方中有效化学成分的作用时，要从整体上加以认识和综合考虑这些成分之间相互作用、相互影响，有可能产生的新作用[8]。