中医学的整体观从本质上具有系统科学思想，是传统的“系统医学”。只有在系统层面上深入研究和应用，中医药的特色才能更为合理地得到继承、阐释与发扬。当前中医药现代化研究受到了方法学的制约。系统生物学是以整体性研究为特征的一种大科学，是研究一个生物系统中所有组成成分（基因、蛋白质、代谢物等）的构成，以及在特定条件下这些组分间的相互关系的学科。中医学就是把人体视为一个系统，通过测定和改变系统的输入和输出来调节系统的状态。系统生物学的思路与中医整体观相一致，为中医药研究提供了一个可借鉴的方法。与会专家以具体研究为例交流了用系统生物学思路进行的研究工作，如对肾阳虚证本质的研究等。

    与会专家指出，现代医学的发展有有赖于分子生物学的发展。中医理论建立于中国古代传统文化的基础之上。面临文化的冲击，怎样变革才能适应时代的发展？这是个重要的命题。阴阳是中医处理复杂问题的思维方法，根据阴阳不同，驾驭复杂事物的规律。应用系统生物学、复杂科学研究中医，应重视系统整体间的联系是通过什么来实现的。有些联系现在还没发现，中医虽然可能已经认识到，但尚不能表述出来。系统生物学从思维方式上讲是个非常大的进步，原先单个基因的研究是典型的还原论思想。现在系统生物学的研究确实还处于很早期的阶段，代谢组学、蛋白质组学，从技术高度上讲目前还有很多问题没解决。功能组学是最难的，需要加强研究。系统生物学是东西方医学沟通的桥梁，最终二者很可能融合。