中医学直接脱胎于中国传统文化，与传统文化思想的关系尤为密切，二者唇齿相依，这是中医的一大特色，在世界文化史上独树一帜。

    那么什么是中国传统文化呢？中国传统文化是指在远古或较久以前在中国区域内产生和发展的，世代流传至今的具有自身特点的精神文化。中国传统文化是儒、道、释三种流派思想长期融合而来的，三位一体，不可分割，其中以儒家思想为主体。儒学中的天人合一，以人为本，以和为贵，中庸等思想；道家的祸福相倚，对立统一，沉静无为等思想；佛教中的众生平等，慈悲为怀等思想，均对中医学的形成与发展影响深远。尤其是强调人与自然界协调统一的“天人合一”观，不仅是中国传统文化的精髓之一，也直接缔造了中医学的基本框架，为中医学的起步与发展找到了出发点与归宿。中医天人相应的整体观念，五行相贯的藏象学说，阴阳互根的治疗原则无不打上了中国古代哲学的烙印。

    在科技发展受到很大局限的古代，人们无法把握微观世界，但对宏观世界的把握是准确到位的，并且这种把握甚至超出了肉眼范围囊括了整个宇宙世界。在中国古代的认知论中，微观就是宏观，“一花一菩提，一叶一世界”，宏观与微观等同，认知方式是一致的。宏观世界是人类能够认知的一切可想象事物的总和，所以传统文化强调认知的立足点、出发点，重视观察角度，以自我为中心，“格物致知”，穷究其理；以“心”为轴心，“吾心即是宇宙，宇宙即是吾心”。这些观点直接渗入了中医理论。中医注重整体调节，阴阳调和，辨证施治，力求机体达到阴平阳秘的动态平衡；诊治时对人不对病，审证再求因，同病异治，异病同治；用药讲求君臣佐使，升降有度，出入有序，广用和法，慎用攻法……

    然而，人的认知能力在一定时期一定程度上总是有限的，由于认知手段的局限，当时人们对自然界的认知是很局限的，充满怀疑、矛盾和力不从心的感觉，既无法用精确的语言准确地描述客观世界，更无法验证理论的正确与否，只能从理论到理论，一路穷推。表现在中医学上，就是理论内涵的不确定和外延的无限扩大。理论上的自圆其说，无可证伪和解释的模棱两可、歧路百出，这些都长期为人所之诟病，而且随着时代的发展，中医日益倾向于内省而外纳不足，中医的发展与科技的发展脱节，这一切都成为后来传统文化反思大潮中中医频遭非议致命伤。