《温疫论》是吴有性唯一一部传世之作。共二卷。卷一载论文五十篇，主要阐发温疫之病因、病机、证候、治疗，并从中参论温疫与伤寒的区别。卷二载论文三十篇，着重叙述温疫的各种兼挟证治，还设立了多篇有关温疫的质疑正误及疫疠证治的辨论文章。

    《温疫论》一书提出了当时对传染病的称呼“疫病”的病因是“非其时而有其气”。《温疫论》认为伤寒等病是由于感受天地之常气而致病，而“疫病”则是“感天地之疫气”致病。《温疫论》将“瘟疫”与其他热性病区别开来，从而使传染病病因突破了前人“六气学说”的束缚。《温疫论》在我国第一次建立了以机体抗病功能不良，感染戾气为发病原因的新论点。

    《温疫论》指出“戾气”的传染途径是通过空气与接触，由口鼻进入而致病。《温疫论》中还指出戾气有特异性，只有某一特异的戾气才引起相应的传染病。该书还认为疗疮、发背等外科病是由于杂气感染，而不是由于“火”。《温疫论》首次把外科感染疫病与传染病的病因划入同一范畴。

    《温疫论》也十分重视机体抵抗力的重要性。该书认为：“木气充满，邪不可入”，机体抵抗力强，则虽有接触传染的可能，但不大会发病。假如“本气适逢亏欠，呼吸之间，外邪因而乘之”，机体抵抗力减低，又受到传染，则可以发病。

    《温疫论》还提出了传染病的传染途径是“有天受，有传染”。“天受”就是空气传染，“传染”就是接触传染。所以书中注明“凡人口鼻通乎天气”，“呼吸之间，外邪因而乘之”。《温疫论》认为传染病流行形式可以是大流行，也可以是散发的。

    《温疫论》在传染病的病源、病因以及免疫性、流行性的大量论述都十分科学。尤其在17世纪中叶细菌学出现之前，《温疫论》提出了：“夫温疫之为病，非风非寒，非暑非湿，乃天气间别有一种异气所感”，这种异气即“戾气”。这种学说是十分先进的。《温疫论》对温疫的免疫性的论述也确是十分令人敬佩。书中说：“至于无形之气，偏中于动物者，如牛瘟、羊瘟、鸡瘟；鸭瘟，岂但人疫而已哉?然牛病而羊不病，鸡病而鸭不病，人病而禽兽不病，究其所伤不同，因其气各异。”真是一段绝妙的阐述。

    《温度论》记载了不少治疗传染病的新方法。如书中认为传染病初起宜用达原饮，等到病深；些，即所谓“邪毒犯育”时，即不厌“急证急攻”。这些方法都为后世传染病的治疗奠定了基础。 《温疫论》对后世的影响很大，清代一些著名医家如戴北山、杨栗山、刘松峰、叶天士、吴鞠通等，都或多或少地在《温疫论》的基础上有所发挥，有所创造。我国历代医家在与传染病斗争的实践中创造了温病学说。温病学说，渊源于《内经》，孕育于《伤寒论》，产生于金元，成熟于明清。在温病学说的发展过程中，《温疫论》作为我国第一部治疗传染病的专著的贡献是很大的。直至今天，我国应用温病学说的理、法、方、药治疗一些传染病，如流行性乙型脑炎、流行性感冒、麻疹、猩红热、痢疾等，取得了很高的疗效。而其中很多地方就是继承和发扬了《温疫论》的理论和经验。 当然吴有性同历史上所有的伟大医学家一样，都有不能超越时代的局限性，如他虽发明了“戾气”学说之千古绝唱，把致疫因子的基本特征和致病特点做了许多正确描述，但并非真正意义上的微生物科学，只能是一种科学假说；他提出寻找针对性药物，通篇体现的仍然是以攻下祛邪为主体的辨证论治，故也只能是一种启示后人的理想，这些都是不应苛求的。书中还误将鹤膝风、老年中风等非传染性疾病也归入疫病范畴。虽提出反对妄投寒凉的正确主张，但对黄连只能清“本热”，不能清“邪热”，反对用黄连治疫的认识则欠确当。认为“温病”、“温疫”、“瘟疫”三者无区别的“正名”也是不恰当的，温病与温疫有广义和狭义之别，温病包括温疫，温疫只是温病的一种。吴氏对疫病的治疗方法尚欠丰富，尤其对预防措施论及甚少。尽管吴氏有些错误论点、偏见和缺憾，但瑕不掩瑜，吴氏以他的医学实践和聪明才智、创新精神，在中国医学乃至世界医学发展史上，留下了极为重要不可磨灭的光辉篇章。