历时两年，由中国科学院上海药物研究所和创藤科技发展有限公司联合进行的“中国天然产物数据库(CN-PDTM)”的开发工作日前宣告结束，并已进入应用阶段。这是我国目前上市的第一个天然产物数据库。

    天然产物数据库利用了美国MDL公司国际通用的I-SIS/BaseandDraw的化学信息管理系统进行数据管理，它可以与其他应用系统如Tripos和Accelrys分子模拟和分子设计软件系统相容。该数据库共收集了包括黄酮、萜、甙等27类12000余种天然产物的化学结构及性质等信息，还可提供天然产物的二维分子结构及利用分子力学方法优化得到的三维分子结构以及天然产物的名称、分子式、分子量、熔点、旋光度等重要理化性质。

    天然产物数据库的运用对药物的开发工作具有重要意义。研究人员可以通过它系统地了解有关天然产物分离、提取和鉴定的研究方法；可以利用该数据库提供的资料对天然产物的结构及生物活性信息进行定量或定性的分析研究，从而深入了解某类药物的结构与活性间的关系，为新药研究提供系统的和有价值的信息；由于天然产物的结构具有非常好的差异性，因此，天然产物数据库中的许多化合物可以作为组合化学库设计的起始结构。该数据库将天然产物的结构数据、生物活性数据、原植物来源及中药传统应用方法融合在一起，并且能够将三维结构信息在线显示，从而使研究人员能够利用数据库提供的的三维分子结构进行针对药物靶标的虚拟筛选，加快了药物筛选速度。