医药企业管理协会的建议书中称，以药养医机制是医药企业良性发展的重负，必须从体制上予以改变，医药企业才能持续发展。在中国医药企业管理协会看来，如果不从根本上改变“以药养医”的现行制度，目前单纯的药品降价、药品招标采购、药品挂网采购、药房托管等改革措施，无异于舍本逐末。

　　因此，医药企业管理协会指出，在新一轮医疗体制改革中，应当彻底改变以药养医机制，以医药分开为重要原则，建议对现有医院的门诊药房逐渐剥离，使门诊药房社会化，把患者购药的选择权利还给患者，允许处方外购，打破医院对医药市场的垄断地位。

　　“医药行业的问题绝不能头痛医头、脚痛医脚。”上述行业资深人士对记者表示，解决医药行业的现实问题，必须从体制改革入手，必须医药联动，不能就事论事。他坚持认为，要彻底地走医药分开的路线，对现有医院的门诊药房逐渐剥离，使门诊药房社会化。

　　但接近卫生部高层的人士对记者表示，彻底的医药分开，如果政策过快过猛，担心会有较大的社会反应，卫生部更倾向于温和的改革策略--比如实施收支两条线，零差率等措施实施渐变的医药分开。

　　此外，对于药品行业监管，上述建议书还列举了存在的六大问题：药品注册管理标准时紧时松，打乱了企业的创新计划；药品价格政策扑朔迷离，让企业雾里看花；药品招标采购办法朝令夕改，各省各自为政，令企业疲于奔命；医保目录限制新药，制约了企业自主创新的积极性；药品政策向外企倾斜，妨碍了公平竞争。

　　对此，建议信称：“医药行业监督管理权分布在国务院多个部门，各部门在行使各自的权力时缺乏沟通协调，这样的环境对医药行业的发展不利。政府还应加强管理。”

　　一位不愿透露姓名的与会药企老总对媒体称，为确保医改成功，目前这100多家医药企业期望国家"成立一个专门的医疗改革领导小组，独立于发改委、卫生部、药监局"。