秦巴山地北起秦岭北麓及伏牛山山脊，南抵大巴山脉分水岭和神农架南坡，东临豫东平原及鄂西北山地，西过甘肃的漳县武都一文县一线。秦岭山脉为我国长江和黄河中游的分水岭，山势巍峨，西高东低，全长达500公里，南北宽120一180公里，海拔高度多在1000一2000米；主峰太白山，海拔高达3767米。大巴山婉蜒于四川和陕西边线，向东延伸至湖北西北部，主峰神农架的最高峰高3105．4米。本区属北亚热带湿润区，位于东南季风区，由于秦岭对南北气流的阻挡，冬季气温较高，夏季雨水充沛，形成了温暖湿润、雨热同季的气候特点，有利于中药资源的生长和发育。　　

    秦岭处于暖温带落叶阔叶林向亚热带常绿阔叶林的过渡带，是中国两大植物亚区（即中国--日本植物亚区和中国一喜马拉雅植物亚区）交汇处，兼有中国南北植物区系成分。植物种类丰富，且含有许多种子植物的特有属及特有种。大巴山属北亚热带常绿、落叶混交林带，其中华中植物区系成分很多。　

    岭山地太自山就有中草药近千种。著名药材有党参、当归、地黄、黄芪、贝母、茯苓、黄连、杜仲、天麻、白芍、菊花、牛膝，山茱萸、枸杞子、大黄、药用大黄、红毛五加及九节菖蒲等。民间草药种类丰富，多为本区的代表种和特有种，仅以“七”命名的就有144种，如桃儿七，红毛七，长春七等；稀有药用植物有太白贝母、太白米、凤凰草、枇杷芋、延龄草、祖师麻、黄瑞香、太白美花草、独叶草、手掌参、太白乌头、太白黄连和朱砂莲等。　

    秦巴山地的秦岭东段、武当山、荆山和神农架北坡植物区系结构相当复杂，既有华东区系成分，又有西南和西北区系成分。这里的药用植物种类特别丰富，代表性和特殊性的木本植物有枇杷、山豆根、七叶树、天师栗、密蒙花、油茶、金樱子、武当玉兰、女贞、银杏、杜仲、黄柏、厚朴、三尖杉、川桂、常山、红茴香等；藤本有鸡血藤、钩藤、凌霄花、青牛胆、华钩藤、木通、三叶木通、飞龙掌血、大血藤、南五味子、猫儿屎、猕猴桃、唐松草、绞股蓝、雪胆等；草本有鹿衔草、半枝莲、乌头、拳参、川牛膝、独角莲、华细辛、毛细辛、秦艽、北柴胡、百合、甘肃贝母、川贝母、珠芽蓼、窝儿七、甘青乌头、太白棱子芹、五脉绿绒蒿、扣子七和鬼灯檠等。本区的栽培药材约有100种，其中在国内占有重要地位的有当归、天麻、杜仲、独活、连翘、黄连、党参、红芪、大黄、厚朴、吴茱萸、云木香、川贝母、附子、山茱萸及栀子等。

    药用动物种类也相当丰富，主要的有林麝、豹、黑熊、金丝猴、苏门羚、灵猫、大鲵，白鹳、穿山甲、鳖、龟，蝎、水獭、乌梢蛇、乌骨鸡、獾、土鳖虫，蜣螂、蝉等。药用矿物则有朱砂、水银、密陀僧、磁石、自然铜、石膏、雄黄、信石、炉甘石、花蕊石、礞石、石燕、龙骨、寒水石、滑石、赭石、禹粮石、金精石、钟乳石、银精石、阳起石和硫黄等。