本区主要由低山丘陵、盆谷、湖泊洼地和沿海滩涂等地貌类型组成，包括江汉平原、洞庭湖平原、鄱阳湖平原、苏皖沿江平原、长江三角洲和里下河平原等。平原上湖泊众多，江湖串连。广阔的冲积平原和盆地土壤深厚、肥沃，为家养和野生药用生物提供了良好的生长条件。从气候状况来讲，江南、江北有一定差异：冬季江南比江北温度略高，江南具明显的亚热带特色，而江北则呈现向暖温带过渡的气候特点。

　　本区内分布有一些重要的和常用的药材种类，可供应全国并出口。其中产量大而质量好的野生草本种类有土茯苓、益母草、明党参、葛根、虎杖、夏枯草、白花前胡、乌药、野菊花、地榆、茵陈、淡竹叶、何首乌、女贞子、南沙参、百部、瓜篓、桔梗、丹参、牛蒡子、淫羊藿、白前、白花蛇舌草、玉竹、夏天无、太子参、鸡血藤、白药子、猫爪草、北柴胡，南柴胡、马兜铃、射干、艾叶、积雪草等；乔木类有樟树、女贞、冬青、枸骨、枫香、梧桐、合欢、乌梅、南酸枣等；灌木类有覆盆子、、金樱子、木芙蓉、棕榈、山胡椒、冻绿、野山楂等；栽培药材有杜仲、厚朴、山茱萸、半夏、板蓝根，红花、补骨脂、桔梗等。

　　长江中下游地区有中国东部平原区，也是中国湖泊密度最大的地区。中国著名的五大淡水湖一洞庭湖、鄱阳湖、太湖、洪泽湖和巢湖都分布在这里。这一地区濒临海洋，地处东南亚季风带，气候温暖湿润，降水丰富，湖区水生植被面积大、种类多。水生药用植物在湖泊内，从沿岸浅水向中心深水方向呈有规律的环状分布，依次为挺水植物带、浮水植物带和沉水植物带。挺水型水生植物指根扎生于水底淤泥，植物体上部或叶挺生于水面的种类，多分布于内湖浅水、浅溏、沟汊及水田中，主要药用种类有芦苇、水烛、东方香蒲、莲、菰、慈菇、泽泻、黑三棱、菖蒲、石菖蒲、水葱、雨久花、鸭舌草和中华水韭等、浮水型指植物体悬浮于水上或仅叶片浮生于水面的种类，多分布于湖缘、池塘、沟汊等静水水域，主要药用种类有芡实、菱、野菱、?菜、浮萍、紫萍、满江红、四叶萍、风眼莲、空心莲子草、莼菜、睡莲、萍蓬草、水蕨、水龙等、沉水型扎根于水底淤泥中或沉于水中的植物，多分布于水深4米以的暖流静水水域中，主要药用种类有眼子菜、菹菜、竹叶眼子菜、金鱼藻、黑藻、水车前及苦草等、在平原的沟溪长期积水处或土壤潮湿的沼泽地，还分布有水生药用种类灯心草、谷精草、矮慈菇、牛毛毡、节节菜、圆叶节节菜、水苋菜、丁香蓼、水芹、半枝莲、水苏、薄荷、鳢肠、蔓荆子、水蜈蚣、鱼腥草、三白草、毛莨，半边莲、猫爪草和白前等。湖区重要的栽培药材有芡实、泽泻以及食药兼用的荸荠、菱、莲、蕹菜等。

　　本区的动物性药材有珍珠、珍珠母、蟾酥、地龙、刺猬皮、土鳖虫、鳖甲、龟甲、僵蚕、蝉蜕、水蛭、鸡内金，蜈蚣、牡蛎、青娘虫、虻虫、蛴螬虫、蜣螂虫、蝼蛄和守宫（壁虎）等；山区有蕲蛇、乌梢蛇、白花蛇，穿山甲、水獭、豹、猴、鹿、熊及灵猫等动物。

　　矿物药种类不多，主要有萤石、磁石、滑石、紫石英、秋石，无名异、赤石脂、青礞石、代赫石、寒水石，自然铜、阳起石、云母、赤石脂、禹粮石，琥珀、鹅管石和石膏等。