南岭山地东濒海洋，由西北向东南倾斜，境内有一系列北东走向的山脉，主要由越城、都庞、萌诸、骑田、大庾等五岭组成。全区以南岭山脉为主体，贵州东南山地、湖南雪峰山地。江西南部山地、广东北部山地和广西北部山地的广大区域均属本区范围。本区以山地丘陵为主，间有盆地及谷地。山体大部分是海拔1000米左右的中低山，与海拔300-500米的丘陵和盆地交错分布，最高峰猫儿山海拔2143米。本区是长江、珠江流域的分水岭，也是华中、华南之间的气候屏障，是中亚热带和甫亚热带之间的一条自然地理分界带；自然景观具有明显的过渡性，既有亚热带特色，又显露出热带的某些特点。本区属中亚热带南部边缘，为亚热带湿润气候，春季多阴雨，夏季多雨水，秋旱而冬有霜冻；南岭是阻挡北来寒潮和南来热带暖流的屏障。大部分地区降水量均在1400-1900毫米之间。山地的南坡和东南坡基本无冻害。地带性土壤以红壤、黄壤为主，黄棕壤次之。

    本区植被为中亚热带常绿阔叶林，目前，覆盖率达45％，是南方主要林区之一；热带植物区系中渗入了较多的印度马来西亚区系成分，成为华中与华南植物类型的过渡地带。境内分布有许多珍贵、稀有和濒危植物及药用植物，如资源冷杉、建柏、长柄双花木、长瓣短山茶、马蹄荷、观光木、香果树、黄枝油杉、华南五针松、南方铁杉、长苞铁杉、穗花杉、白柱木、舌柱麻、八角莲、半枫荷、红豆树、翅荚子、粘木、紫茎、银钟花、短萼黄连、红大戟、三尖杉、蓖子三尖杉、雷公藤及金耳环等。

    本区的药用植物种类繁多，分布具有从中亚热带向南亚热带交汇过渡的显著特征。代表性的药用植物有钩藤、红大乾、走马胎、连州黄精、三尖杉、蓖子三尖杉、金毛狗脊、巴戟天、五倍子、广东升麻（华麻花头）、山姜、独活（重齿毛当归）、零陵香和青天葵等，此外，还有槲蕨、桫椤、广防己、金耳环，金果榄，宽筋藤（中华青牛胆）、锦地罗、黄常山、毛冬青、桃金娘，地?、半枫荷、广金钱草、越南槐、杜茎山、鸡血藤（密花豆）、葫芦茶、两面针、巴豆、使君子、铁包金、了哥王、鸭脚木、广地丁（华南龙胆）、南丹参、马蓝、巴戟天、罗汉果、广狼毒（海芋）、薯莨、石仙桃、石吊兰、石柑子等。

    本区引种栽培的中药材有70多种，主要有厚朴、乌梅、栀子、穿心莲、郁金、姜黄、莪术、茯苓、白术、泽泻、白芍、黄柏及夏天无等。

    广西北部的石灰岩山地占全区山地面积的40％左右，环境特殊，岩多，土少，干旱，夏日温度高，生长着各种喜钙和适钙的植物，其中药用植物主要有地枫皮、广豆根、千年健、青天葵和金不换等。石灰岩山区分布的药用乔木有银杏、粉苹婆、苹婆、木棉、秋枫、粗糠柴、乌桕、石楠、皂角、红豆树、苦楝、木蝴蝶；药用灌木有飞龙掌血、竹叶椒、萝芙木，珙桐、黄荆、山牡荆、南天竹、衡州乌药、番石榴、金丝桃、石岩枫、火棘、广豆根、穿破石、九里香、雀梅等；药用藤本有苍白秤钩风、广西马兜铃、朱砂莲、何首乌、九龙藤、亮叶崖豆藤、华南云实、云实、腺背忍冬、对叶百部、紫藤、山木通等；药用草本有吊石苣苔、毛球兰、湖南淫羊藿、及已、商陆、护心胆、竹叶柴胡、小紫金牛和石狮子（凹脉紫金牛）、紫金牛、假刺藤、白及、青天葵、德保黄精、黄独、二叶薯、石蒜、黄花石蒜、一枝箭、槲蕨、徐长卿、茜草、牡蒿、野菊花、串钱草等；栽培的中药材有使君子、白术和天麻等。

    本区野生药用动物资源丰富，其中列为国家一类保护动物的有华南虎、梅花鹿；二类保护动物的有猴类、穿山甲、金钱豹、云豹、林麝、水鹿；三类保护动物的有獐等。此外，还有蕲蛇、白花蛇、蛤蚧、蝎、蜈蚣、地龙，土鳖虫、斑蝥、黄蜂和蝙蝠等也可供药用。药用矿物有白石英、禹粮石等。