荒漠是指降水量少而蒸发量大、干旱、具强烈大陆性气候，植被稀疏而地面构成物质粗瘠的自然地带。中国的荒漠地区除大面积内陆盆地外，尚有剥蚀高原、丘陵和低山，多分布于阿尔泰山、天山、祁连山、昆仑山和阿尔金山等山地草原带的下部，如天山北坡植被垂直分布带谱的基带即为荒漠。荒漠带往往可上升到海拔2000米左右的前山、低山以至中山，在藏北羌塘高原海拔5000米以上地带亦属荒漠。在行政区划上荒漠区包括内蒙古西部、甘肃和宁夏西北部、青海西部和新疆除阿尔泰山区与昆仑山内部山地以外的全部区域，约占中国总土地面积的1/5强，其中沙漠和戈壁面积约有100万平方公里。荒漠地区气候极端干燥，日照强烈，蒸发量远超过降水量；夏季酷热，冬季寒冷，昼夜温差大，多大风沙，年降水量小于200毫米，有的地方只有几十毫米或低于10毫米，甚至终年无雨；年平均温度3-120C，1月为一5-10℃，最低达-30℃以下，7月为24-27℃，最高达400C，荒漠在邻近草原的地区为淡棕钙土，北部为灰棕漠土，南部为棕漠土，土壤粗瘠而薄，富含盐碱。极端干旱的气候和贫瘠多盐碱的土壤造成了植物种类的贫乏，植被结构简单、稀疏，常由一些超旱生的植物组成，多旱生型植物，叶常退化或特化成落叶（或落枝）的半灌木或小乔木。植物群落以亚洲中部成分为主，但也有中亚和古地中海成分，主要由少数科的植物组成，其中藜科和菊科是温带荒漠植物特有的两个最主要的科，其次蒺藜科、豆科及禾本科，柽柳科、蓼科、麻黄科、石竹科、旋花科等也占有较大比重；其他科的植物较少。植被覆盖率在5-20％之间，河旁沙丘可达50％以上，一般在10％左右。藜科植物的许多属和种，构成了多种多样的荒漠群落，其中药用植物主要有琐琐属（琐琐、白琐琐）、猪毛菜属（珍珠猪毛菜、木本猪毛菜等）、假木贼属（短叶假木贼）、驼绒藜属（驼绒藜）以及盐生植物盐爪爪属（盐爪爪）、盐角草属（盐角草）、碱蓬属（碱蓬）和沙生植物沙米，以及霸王属（木霸王）和白刺属等。豆科入药的有锦鸡儿属（柠条、狭叶锦鸡儿），棘豆属（刺棘豆）、岩黄芪属（蒙古岩黄芪，多花岩黄芪）、甘草属（甘草、胀果甘草）、沙冬青等。蓼科入药的有沙拐枣属等。柽柳科入药的有柽柳属和琵琶柴等。麻黄科入药的有膜果麻黄等。其他还有杨柳科的胡杨、胡颓子科的沙枣等。

    本区享有盛名的地道药材有甘草、麻黄、宁夏枸杞、肉苁蓉、新疆软紫草、银柴胡等，以及新疆党参、乌恰贝母、乌什沙棘、吐鲁番桑椹、阿图什无花果、索索葡萄、胡桐泪、鹰嘴豆、锁阳和沙枣等。此外，可供药用的还有秦艽、蒲黄、芦苇、罗布麻、苦豆子、阿魏、马蔺子、雪荷花、龙胆、?蓄、车前、蒺藜、香青兰、益母草、茵陈、蒲公英、杠柳皮、沙芥、瑞香狼毒、黄芩、旋覆花、蒙古扁桃、马勃、骆驼蓬、牛蒡子、菟丝子，列当、苍耳子、王不留行等，多为荒漠草原的主要植物种。

    栽培药材以枸杞最为突出，其次为红花、伊贝母、黄芪、甘草和银柴胡。还引种了外地种类20多种，如菊花、白芷、板蓝根，山药、金银花、瓜萎、槐花、地黄及牡丹等。栽培的民族药有黑种草、巴旦杏、索索葡萄、芫荽、沙枣、阿育魏、无花果、孜然和小茴香等。在昆仑山、阿尔金山等高寒荒漠地区，干旱、大陆性气候强烈，分布有新疆假紫草、假紫草、新疆党参、甘草、岩黄芪、沙棘，高山红景天、高山风毛菊、手掌参、雪莲、异叶青兰、甘松、高山龙胆、新疆羌活、新疆独活、网脉大黄、珠芽蓼、高山铁线莲、甘青铁线莲、高山紫菀、膜果麻黄和单子麻黄等。

    本区的药用动物有马鹿、麝、鼯鼠、狐，野驴、鹅喉羚、狼、野免，驴，牛、羊、鸡、刺猬、蝎、虻虫、水蛭、绿蟾蜍、蜂等。药用矿物有石膏、硫黄、云母、伏龙肝、玉石、阳起石、含水石、炉甘石、玄精石、芒硝、滑石、鹅管石，磁石、大青盐和自然铜等。