西南亚热带区位于华北、华中、华南和青藏地区之间，西南部毗邻缅甸，包括秦巴山地、四川盆地、云贵高原及部分横断山地。本区属中国地形的第三阶梯，具复杂的山原地貌，地势起伏较大，多数地区海拔为1500-2000米，最高峰超出5000米（如玉龙山达5596米），最低为长江河谷，在300米以下，本区内的云南、贵州、四川三省的山地面积均占全省的70-80％。

    本区多数地方春季气温略高于秋季，表现出一定的大陆性，大部分地区平均年降水量1000毫米左右，一般分布规律是东部多于西部，但最西边界处的迎西南季风坡降水量也很丰富。本区的地带性土壤为黄壤、红壤和黄棕壤。

    西南亚热带区的主要植被类型大部分为以樟科、山茶科、金缕梅科植物为代表的中亚热带常绿阔叶林，只有北部的秦岭山地、汉江谷地有以壳斗科植物为主的常绿阔叶与落叶阔叶混交林。本区植被区系和群落组成极为丰富。云南有植物1万多种。四川省的被子植物和蕨类植物之多，仅次于云南，居全国第二位，而裸子植物的种类则为全国第一。本区的西部是中国西南的高原地区，植被组成的区系成分十分复杂，呈现出古北极成分和古热带成分在高原山地的交错过渡。本区西部的中、北部植物区系以中国一喜马拉雅成分为主，并顺山脉向南延伸。这些成分与中国东部的“中国-日本植物区系”有一系列的属、种替代现象，如以滇油杉代替油杉，以滇青冈代替青冈，以云南松代替马尾松等。本区西南部的局部地区为热带植物提供了避难所，成分古老的特有种较多，如云南苏铁、桫椤和座莲蕨等。本区北部的秦巴山地是中国亚热带地区的最北隅，北部为秦岭，南部为大巴山，秦巴山地之间是东西向的汉江谷地，植物区系丰富，是南北东西交汇的所在地，有许多特有科属。由于地形复杂，气候多样，自然植被类型出现交错镶嵌和垂直分布的特征，特别是垂直分布十分明显。本章后面药用植物的垂直分布一节，记述了西南区的太白山、峨眉山和梵净山等药用植物的垂直分布带谱，可参见有关部分。

    西南亚热带区的中药资源种类多、数量大、质量优，在全国名列前茅。据统计，全区有中药资源5000种以上，其中药用植物约4800种、药用动物近300种。药用矿物约100种。本区是中国地道药材产区，历来就有川广、云贵地道药材的美称。本区又是多民族聚居地区，少数民族用药经验丰富，如藏药、彝药、傣药、苗药等各具特色。民族药多为当地分布的特有种类，如青叶胆、火把花根（昆明山海棠）、灯盏细辛、青羊参、岩白菜、竹红菌、紫金龙、榜嘎（唐古特乌头）、船形乌头及羊耳菊等。

    根据中国动物地理区划，本区属于东洋界西南区，兼有古北界和东洋界起源的种类，动物资源十分丰富，主要有林麝、熊、豹，云豹、豹猫、麂、豺、猪獾、猞猁、猕猴、狐、水獭、刺猬、青羊、岩松鼠、草兔、红腹锦鸡、白冠长尾雉、蛇、蝉、蝎、蛇虫、鳖、龟和蜈蚣等；还分布一些珍稀动物如大猫熊、金丝猴、羚牛等。

    本区药用矿物种类较多，尤以朱砂、雄黄在国内占有重要位置。根据地域差异，西南亚热带区可分为秦巴山地、四川盆地、贵州高原和云南高原四部分。