华南亚热带、热带区位于中国最南部，北界与华中、西南两区接壤；南面包括南海和南海诸岛，与菲律宾、马来西亚、文莱等国隔海相望；西南界是中国和越南、老挝、缅甸等国的边界，本区以山地、丘陵为主，间有盆地（谷地）、台地、平原、东部地势西北高、东南低，主要山脉有十万大山、大容山、云开大山、戴云岭等。一般山岭在300-800米之间，少数山峰超过1000米。西部属云南高原南缘，地势由北向南倾斜，海拔多在1000-1500米，少数在2000米以上。台湾的山脉纵贯于岛的东部，海拔多在3000米，玉山海拔3950米，是中国东部最高峰。海南岛的山地集中于岛的中部偏南，最高峰五指山海拔高1867米，南海诸岛为珊瑚岛，由滩、礁、暗沙所构成。本区属热带、亚热带季风气候，高温多雨，冬暖夏长，干湿季节比较分明，水热资源丰富。年降水量一般为1200-2000毫米，居全国之冠。地带性土壤由南到北以砖红壤，赤红壤为主，其次有红壤、黄壤、石灰土、磷质石灰土等。

    本区植物种类丰富，仅高等植物就有7000种以上；西双版纳和广东地区均在5000种左右。特有种类很多，仅海南岛就有500种，西双版纳在300种以上，不少已被列为国家保护的珍稀物种。地带性植被为南亚热带常绿阔叶林、热带季雨林、雨林、赤道热带珊瑚岛等。植被以终年苍翠的热带成分为主，桑科、桃金娘、番荔枝科、无患子科、大戟科、棕榈科、梧桐科、豆科和樟科的植物是本区热带雨林优势种。在季雨林、雨林、红树林中则以龙脑香科、肉豆蔻科、红树科、猪笼草科，以及藤黄属为代表性植物。本区植被的另一个特征是常绿阔叶雨林一季雨林型特别明显，植株常年青绿，花果期很长，冬季落叶的木本植物较少，尤其在南部热带雨林中，终年开花不断，冬季都有果实成熟。雨林包含的种类比较复杂，一块几百亩的林地内有100多个科、300-400种高等植物。乔木一般可分3-4个亚层，大树板根、寄生现象显著，反映出热带湿润环境下的植被特征。南亚热带季风常绿阔叶林中，以占优势的壳斗科、樟科、金缕梅科、山茶科、红树科、竹亚科的种类为主。华南地区，除台湾有高山并自然景观垂直分布明显以外，其他地区的地表起伏不大，热带自然景观随着由北向南的热量增加及冬季寒潮影响减弱而愈见显著。

    华南亚热带、热带区是中国中药资源的重要分布区，也是南药的集中产区。海陆药材兼备，门类齐全，独具特色。中药资源约有5400种，其中药用植物约5000种，药用动物近300种，矿物药约50种，在全国各个地区中名列前茅。

    本区中药资源的草要特点就是分布和生产许多著名的南药。南药一般指产干中国南方的热带药物，也指经东南亚海运进口的热带亚洲和非洲进口的热带药。本区分布的南药有阳春砂、缩砂蜜、肉桂、儿茶、檀香、马钱子、沉香、白豆蔻、草果、草豆蔻、大风子、使君子、荜芨、蒌叶、胡椒、石斛、风兜石斛、八角茴香、荜澄茄、千年健、血竭、三七、安息香、槟榔、芦荟、中国芦荟、苏木、诃子、毛诃子、余甘子、胡黄连、鸦胆子、番泻叶、丁香、大叶丁香、胖大海及广藿香等。此外，这一地区的道地药材还有木蝴蝶、高良姜、化州橘红、新会陈皮、德庆何首乌、巴戟天、云木香、葛根和益智等多种。

    华南亚热带、热带区跨北热带、南亚热带和中亚热带南缘三个气候带。由于太阳辐射、大气环流和自然条件的差异，不同地带的中药资源种类也有明显的不同。

    北热带分布的主要药用植物有槟榔、益智、巴戟天、沉香、芦荟、番泻叶、胡椒、荜芨、粗榧、海南粗榧（红壳松）、壳砂、高良姜、青天葵、南肉桂、苏木、海南地不容、小叶地不容、安息香、儿茶、千年健、龙血树、诃子、草豆蔻、鸦胆子、乌药、黄藤、广防己、马槟榔、白豆蔻、木蝴蝶、广豆根及鸡骨草等。海滩也分布一些特有的种类，如锦地罗、补血草、厚藤、老鼠?（海王鱼?）、龙船花、草海桐、长柄黄花稔和雀肾树等。

    南亚热带分布的主要药用植物有阳春砂仁、广藿香、陈皮、化橘红、穿心莲、排草、紫苏、栀子、金耳环、山慈菇、何首乌、红芽大戟、广地丁、马尾千金草、苦参、通草、地枫皮、朱砂莲、金银花、黑节草、灵香草及猫爪草等。

    中亚热带分布的主要药用植物有玉竹、黄精、罗汉果、厚朴、黄柏、杜仲、乌头、银杏、石香薷、荆芥、独活、紫草、天麻、石斛、补骨脂和郁金等。

    根据中国动物地理区划，本区属于东洋界的华南区，是热带和亚热带动物最集中的区域，其中有许多树栖动物，如长臂猿、蜂猴、叶猴、熊猴等特殊种。由于热带季雨林和亚热带阔叶林的覆盖，天然森林比较多，为野生动物提供了栖息场所，重要的药用动物有马鹿、林麝、虎、象、蛤蚧、穿山甲、蕲蛇、熊、金钱白花蛇、乌梢蛇、毛鸡和刺猬等。沿海地区面对南海及太平洋流域，海洋中药资源也很丰富，重要种类有海马、海龙、珍珠、海带和昆布等。

    本区可分为粤桂、闽粤沿海及台湾北部，海南岛、南海诸岛、台湾南部，以及滇南山间谷地三部分。