本区位于青藏高原东南部，年均气温在5-100 C之间，一般山地气温低，谷地气温高；降水量在400-1000毫米之间，南部多，北部少，通常由西向东递减。从谷底到山顶，高差巨大，形成显著的垂直变化，本区江河众多，水系密集，地表切割强烈。全境地势北高南低，山岭和河谷高差悬殊，谷地海拔大都为2500-4000米，两侧山脉高度在海拔5000米以上，并有现代冰川分布，降水量丰富，是青藏高原中药资源的重要分布。以地处青藏高原东南缘、与四川盆地边缘山地峡谷接壤的阿坝州为例，分布有药用植物1232种，分属165科、559属；药用动物225种，其中稀有动物41种，属一类保护动物的有大熊猫、羚牛、金丝猴、梅花鹿、野驴和黑颈鹤等，属二类保护动物的有小熊猫、雪豹等12种，属三类保护动物的有麝、鹿等22种，再以本区甘孜州为例，有药用植物1585种，分属124科、379属；动物性药材28种，如鹿茸、熊骨、猴骨、麝香、牛黄和羌活鱼等。本区栽培药材主要的有当归、党参、天麻、川贝母、牡丹皮、黄草、川牛膝、膜荚黄芪、秦艽及羌活等。

    本区多高山峡谷，地形垂直差异十分明显，因而植物的垂直分布带谱也十分典型。海拔2250-2700米的干旱河谷灌丛和山地草丛上分布有蒲公英，苍耳、千里光、益母草、四川牡丹、柔毛石韦、甘青锦鸡儿、西藏忍冬、中华槲蕨、刺黄花、海金沙、商陆、杏仁、合欢、续断及仙茅等。海拔2700-3200米的河谷、中山地带植被为低山落叶阔叶林和亚高山针叶、阔叶混交林和亚高山灌丛，分布的药用植物有羌活、宽叶羌活、匙叶甘松、金铁锁、岩白菜、川黄芩、细辛、珠子七、蒙自藜芦、长柄唐松草、川藏沙参、川赤芍、独蒜兰、鹿含草、羊齿天冬、沙棘、狭叶红景天、菱叶红景天、藓状马先蒿、松萝、八角莲、石斛、黄连、天麻和仙茅等，海拔3200-4000米的阳坡、半阳坡上为落叶阔叶林。高山栎类林和亚高山草甸，阴坡、半阴坡为针、阔叶混交林和暗针叶林，分布的主要药用植物有麻花秦艽、红毛五加、暗紫贝母、羌活、脉花党参、伏毛铁棒锤、法罗海（阿坝当归）、单穗升麻、药用大黄、膜荚黄芪、多花黄芪、云南红景天、川赤芍、甘青青兰、独一味、鹿蹄草、仙茅、手掌参、胡黄连、茯苓、石斜、七叶一枝花，多种柴胡、细花滇紫草、软紫草、藏糙苏、丹参（甘西鼠尾）、天仙子、刺参、多种党参、鸡蛋参、佛手参、多种天南星及款冬花等。海拔4000-5000米的地带为高山灌丛、高山草甸及高山流石滩植被，分布的主要药用植物有冬虫夏草、红景天、大鳞红景天、长鞭红景天、水母雪莲花、毛头雪莲花、灰毛雪莲花、绵头雪莲花、猩红红景天、狭叶红景天、雪茶、棱砂贝母、珠芽蓼、雪灵芝、杜鹃属多种、小檗、秦艽、胡黄连、丛菔、瑞香狼毒、羌活、绿绒蒿、角茴香、西藏麻黄、小叶瓶尔小草、船形乌头、拟耧斗菜、卷叶贝母和甘肃贝母等。海拔5000米的高原寒漠区，为草甸、草坡、砂石，砾石地带，分布有冬虫夏草、马勃、塔黄、山岭麻黄、雪灵芝、高山杜鹃、莪大夏、丛菔、高山贝母及绵参等。

    本区分布的药用动物有白唇鹿、麝、野牦牛、野驴、雪豹、云豹、猴、鹿、黑熊、雪鸡、白马鸡、水獭、岩羊、鼯鼠、林蛙、蝉等，矿物药有龙骨、石膏等。