喜马拉雅山脉位于青藏高原南缘，东连川西藏东分割高原，包括喜马拉雅山中段、东段及雅鲁藏布江谷地。喜马拉雅山脉是青藏高原上最突出的隆起带，长约2400公里，世界上海拔8000米以上的高峰大多分布在这条山脉内。喜马拉雅山与冈底斯山、念青唐古拉山之间的雅鲁藏布江谷地为一条西向宽谷，即藏南谷地，海拔3000-4000米，气候比较温暖，多晴天，光照充足>10℃活动积温为1800-23000C。该谷地降水主要来源于西南季风，年降水量少，多在300-400毫米，属温带半干旱气候。大部分地区植被稀少，中药资源有藏党参、枸杞子、各种黄芪、甘西鼠尾、波叶大黄，秦艽、远志、黄精、麻黄、长花滇紫草、甘松、雪莲花、冬虫夏草、多刺绿绒蒿、多种天南星、丛菔、细果角茴香、胡黄连、乌奴龙胆、梭砂贝母、沙棘、水柏枝、甘松、柴胡、天冬、唐古特青兰、异叶青兰、露蕊乌头、西藏中麻黄、江孜乌头、白亮独活、瑞香狼毒、独一味，珠芽蓼、二裂委陵菜、中华红景天、鸡蛋参、雪莲花、绿绒蒿、沙棘、草玉梅、藏糙苏、展毛银莲花，以及多种黄芪属、蚤缀属植物。

    雅鲁藏布江大拐弯以下的墨脱地区海拔不到700米，谷底温暖，平均气温200C以上，年降水量5000毫米左右，热带植被可循河谷伸展至北纬300附近。这里山高谷深，气候、生物种类随高度而变化，植被的垂直带谱景观明显，生长着繁茂的热带山地河谷雨林和半常绿雨林，分布着一些热带药用植物，如龙脑香、橄榄、大叶木菠萝、第伦桃、阿丁枫和千果榄仁等。

    药用动物主要有麝、白唇鹿、雪豹、水獭、黑熊、棕熊、黄牛、野驴、狗、蝎、牦牛、斑蝥、藏马鸡、藏绵羊和藏山羊等。