位于中国西南部，是青藏高原的南延部分，地貌以山地高原为主体，一般海拔为1500-2500米，地势向东南倾斜。云南高原东部，石灰岩分布很广，岩溶地貌发育。本区属中亚热带高原季风气候，冬无严寒，夏无酷暑，四季如春，日照充足；全年降水量800-1100毫米，干湿季节分明，降水量的80-90％集中在5-10月。本区地形高差悬殊，气候的垂直变化显著，从南到北形成一个巨大的垂直带谱。例如，滇西北、川西南海拔2800米以上和滇东北海拔2500米以上地区，冬季较长，且多霜雪，热量条件差，生长期短；滇中、黔西高原海拔1200-2500米，春、秋季较长，霜期短，属亚热带气候，作物四季可生长。

    地带性植被主要为亚热带季风常绿阔叶林。北亚热带针叶阔叶混交林，西北部青藏高原东南缘则为暗针叶林和高山灌丛与草甸，南部有南亚热带常绿阔叶林及一些亚热带和南亚热带特有的栽培植被，如芭蕉、八角茴香、番荔枝，龙眼、芒果、苏木、砂仁和草果等。

    云南高原有中药资源5050种，其中名贵道地和大宗的种类有云木香、黄连、茯苓、天麻、半夏、三七、当归、雪上一枝蒿、川贝母、甘肃贝母、梭砂贝母、多种重楼（如七叶一枝花、球药隔重楼、狭叶重楼、长药隔重楼、华重楼、宽瓣重楼等）、藜芦、土茯苓、鸡血藤、石韦、贯众、狗脊，伸筋草、骨碎补、茜草、川楝、马尾连、鹿衔草、草血竭、山乌龟、南五味子、升麻、草乌、人字果、星果草，瓜叶乌头、甘青乌头、铁棒锤、宣威乌头、坚龙胆、金铁锁、青羊参、云防风、余甘子、昆明山海棠及丽江柴胡等；栽培品种主要有三七、云木香、云茯苓、云当归、党参、贝母，天麻、川芎、杜仲、黄柏、厚朴、山药、吴茱萸、附子等；南药种类有肉桂、白豆蔻、草果、千年健和苏木等。云南高原少数民族众多，民间和民族用药多为本地区分布种类，如青羊参、通光藤、雪胆、滇重楼，松萝、灯盏花、紫金龙、大黄藤、锡生藤、山乌龟、红藤山乌龟、长柄地不容、大麻药，青叶胆、白园参、金不换及黑蒴等。

    云南高原的自然环境具有明显的“立体”特征，药用植物的生长和立体气候的关系十分密切，垂直差异也比较明显。“立体”气候可分为高寒层、中暖层和低热层三层，各层中分布着不同种类的药用植物。

    a.高寒层

    由于云南高原东部和西部热量条件和寒潮入侵强度不同，西部海拔2500米以上和东部海拔2300米以上为高寒层，气候类型基本上相当于寒温带及温带。主要药用动植物种类有云木香、当归、天麻、粗茎秦艽、珠子参、雪上一枝蒿、卷叶贝母，云黄连、三尖杉、黑皮芪、黑藁本、大黄、沙棘、青羊参、丽江山慈菇、岩陀、羌活、法罗海、三分三、榧子、隔山消、石菖蒲、大紫丹参、竹七、明七、雪茶、雪莲花、胡黄连、冬虫夏草、绿绒蒿、西藏秦艽，以及豹、熊、鹿、麝等。

    b.中暖层

    中暖层以西部海拔1500米至2800米及东部1300米至2300米为范围，主要集中在滇中、滇西南，具北亚热带和温带气候，植被主要为阔叶林、常绿阔叶混交林及针叶林。温带药用植物极多，野生种类有龙胆、黄芩、半夏，杜仲、云防风、何首乌、茯苓、银花、香附等200余种；栽培种类主要有三七、党参、黄柏、厚朴，红花、附片、山药、川芎等40余种；此外，还有猪苓、重楼、银花、山楂、桔梗、白术、补骨脂、草乌、泽泻、红花，枳壳、木瓜、百合、独活、地珠半夏、天南星、仙茅、贯众、草血竭、天冬、黄藁本（滇芹）、黄精、鸡血藤、百部、山药、玉竹，白芍、南五味子、红芽大戟、七叶胆（绞股蓝）、砂仁、苏木、千年健、千张纸、紫金龙及蜈蚣等。

    c.低热层

    低热层主要指西部海拔1500米以下及东部海拔1300米以下的区域，多处于南部边缘一带，主要为热区及内地的低热河谷地区，具南亚热带和中亚热带气候。本层的南药资源主要有砂仁、肉桂、儿茶、苏木、荜芨、槟榔、龙血树、马钱子、芦荟、诃子、大风子、金铁锁、萝芙木、龙脑香，以及象皮、琥珀、穿山甲、蛤蚧、蕲蛇、乌梢蛇和白花蛇等。

    云南高原出产的动物性药材主要有麝香、熊胆、猴骨、鹿茸、牛黄、穿山甲、水獭肝、全蝎、五灵脂、蕲蛇、乌梢蛇、桑螵蛸、斑蝥、蜂房、龙衣、僵蚕、蝉蜕、狗肾、鸡内金、蜈蚣、灵猫香等；药用矿物有硼砂、滑石、石膏、硫黄、云母、龙骨、自然铜、朱砂、雄黄等。