本区北起黑龙江省爱辉附近，南抵沈丹铁路稍北一线，东抵国界线，西邻松辽平原，略呈新月形。本区大部分为山岭和丘陵，北段为小兴安岭，过松花江后为长白山地，东北面为低陷的三江平原。全区基本上属冷湿型温带针阔叶混交林景观。气候比大兴安岭北部山地温和，但冬季气温仍很低，寒冷期也相当长。本区距海较近，受海洋湿润空气的影响，年降水量较高，长白山地东南侧可达1000毫米，丘陵谷地和低地一般在500-750毫米，是东北地区最湿润的地区。小兴安岭基本上是低山丘陵，纬度较高、温度较低、地面平缓，而长白山地纬度位置偏低，地势较高，自然景观的垂直分异较为明显。

    本区植物种类繁多，具维管束植物2000种以上，其中一半为东亚特有种。本区属长白植物区系，地带性植被属温带针叶阔叶混交林，区系种类构成比较复杂，是中药资源的主要分布地区。本区特产的木本药用植物有红松、紫杉、水曲柳，马鞍树（怀槐）、核桃楸、关黄柏、暴马丁香、毛榛、刺五加和刺楸等。藤本药用植物有北五味子、山葡萄、软枣猕猴桃、狗枣猕猴桃、葛枣猕猴桃、红藤子（东北雷公藤），木通马兜铃及刺苞南蛇藤等。草本药用植物有人参、长白瑞香、铃兰、二歧银莲花、北细辛、平贝母等。　

    小兴安岭山区地势起伏较大，谷地宽阔，森林茂密，分布的药用植物有人参、党参、关黄柏、五味子、膜荚黄芪、平贝母、山楂、刺五加、无梗五加、龙牙木、木通马兜铃、辽细辛、侧金盏花、红藤子，桔梗、天麻、猪苓、龙胆、贯众、木贼、关苍术、升麻、缬草、草乌、白附子、赤芍、槲寄生、败酱、紫菀、远志、东北天南星、芡实、穿龙薯蓣、细叶地榆、铃兰、藜芦、山丹百合、卫矛、白鲜、落新妇、白花延龄草、威灵仙、大叶小檗、齿瓣延胡索、东北延胡索、越桔、笃斯越桔、玉竹、手掌参、轮叶百合、白薇、山杏、东北扁核木和野刺玫等。

    长白山地坡地较平缓。由于纬度偏南，直接承受来自日本的湿气团，气候比较温暖，雨量充沛。长白山最高峰海拔2961米，周围的山地有许多平行的山脊和纵切的宽谷，一般海拔500-1000米。本区植被随着地势的升高，呈现了明显的垂直分布规律，有维管束植物1500多种，其中药用植物900多种。

    长白山的珍贵、稀有和濒危药用植物中，属长白植物区系的有红松、水曲柳、核桃楸、关黄柏、山葡萄、人参等；属南鄂霍次克植物区系的主要有长白银莲花、高山龙胆、笃斯越桔、越桔等；狗枣猕猴桃、葛枣猕猴桃、软枣猕猴桃等种类的存在，反映了长白植物区系与亚热带植物具有密切的关系。　

    本区栽培的植物药材有人参、细辛、党参、平贝母、黄芪、龙胆、丹参、天麻、薏苡、白芍、黄芩、北马兜铃、北沙参、红花及金银花等。

    小兴安岭及长白山地野生药用动物种类较多，主要有马鹿、梅花鹿、原麝、东北虎、豹、黑熊、棕熊、紫貂、水獭、长白蝮蛇、蟾蜍和蛤士蟆等，其中鹿茸、豹骨、熊胆和蛤蟆油都是本区重要的珍贵药材资源。　　本区分布的药用矿物有白垩、方解石、云母、玄精石、白石英、自然铜、阴起石、花蕊石、金箔、金精石、炉甘石、青礞石、绿青、海浮石、银箔、蛇含石、滑石、硫黄、寒水石、磁石、硼砂、赤石脂、钟乳石、铅丹、石膏、扁青、鹅管石、硼砂等。