除六味以及八性外，藏医认为药物还具有十七种效能，这十七种效能即柔、重、热、润、稳、寒、钝、凉、软、稀、密切的关系，即土性的药物，其效能重、稳、钝、柔、润而干、温、轻、锐、糙、动、燥。五行与十七效之间，又有密切的关系，即土性的药物，其效能重、稳、钝、、柔、润而干，其作用是使身体结实，主要用来治隆病；水性的药物，其效能为稀、凉、重、钝、润、柔而软，其作用是能滋润身体，主要用来治疗赤巴病；火必珠药物，其效能辛、锐、干、、糙、轻、润、而动，能产生热能，故用来治疗培根病；风必珠药物，其效能为轻、动、寒、糙、燥、干，其作用是使用身体坚实，精气通行，用来治疗培根和赤巴病。空性的药物，是总率其他四行所生的药物，可遍行全身，因而可治疗各种综合必珠病症。

    以上《四部医典》所提出的关于藏药的一套基本理论内容，一直为后来的藏医所遵循。显然，对于每一种药物，都要弄清它属于什么药性、药味和药效。弄清之后，才能加以正确地运有针对不同疾病的性质，正确地利用药物。比如，赤巴病是一种热必珠疾病，就应当应用寒凉、润软的药物治疗。书中对各种药物的药性、药味和药效，也都有明确的叙述。

    由于对疾病一般大致区娄成寒性和热性两面三刀大类，因此，最根本的任务是首先区分药物的寒热属性，然后利用其相对抗的性质，热性病用寒凉药，而寒凉病则应用温热药。弄清这个根本问题，然后再针对其他病情，选用不同的药效，如燥症用润病用干等等。

    在吐蕃王朝崩溃之后，西藏地区处在割据的混乱状态，此时，由古天竺输入一些医学，主要是寿命吠陀医学的“八支”，一些药学专著也相继出现。如十三世纪以前，这主面的代表作有《甘露精义八支密诀》、《药诊八支》、《甘露八部》、《草药大全》等等，其中药物的分类法大致仍然与〈四部医典〉的相差不远，只是在内容方面做了一些充实。

    此后的四个世纪，藏医上的学派鸣不仅在医学方面出现繁荣的景象，在藏芭上更显出争鸣的重要意义。南方学派在用药习惯上善用清凉性药物，对药物的形态特征、生活环境比较注意，他们还绘制了不少药物的形态挂图，对药方的配制，也提出不少意见。其代表著作如《千万个舍利》、祖先口述》虽然不是药学专著，但其中有关药物的内容，都有独至的见解，尤其是后一部书，至今仍被藏医学家所推崇。

    北方学派则善于应用温热性药物，这与当地高原环境有关。这一派同样也绘有不少药物挂图，尤其是昏弟?都子吉美在绘图的技术方面，更为后世所推崇，成为其后成套系列的医学挂图的蓝本。他们还有不少有关药物方面的作品，如《珍宝图鉴》、《药方秘要》等。

    十七世纪以后，藏药由于理论和经验的不断积累而进入一个新的阶段。这一方面表现为彩色医药挂图的完成，其中药物学的内容十分丰富，色彩鲜艳、形象逼真，有些足以为鉴定药物之品种的依据；另一方面则是十九世纪问世的《晶珠本草》的著成。它可以说是集藏药学的大成，在藏药学发展史上是一块重要的里程碑，其所载的药物，共分十三类，二千二百九十四种。它对于统一药名、订正谬误、鉴别品种方面，都做了大量工作，特别是在理论性的问题，与每一种药物互相结合，使之具体化，使后世有所遵循，成为藏药学史上的重要典籍。