药物是治疗疾病的一种重要手段，任何医疗系统都不例外，这在藏医学中也是如此。

    藏药学的历史也很悠久。在藏族人民开始在高原雪域寻找食物的过程中，就逐步学会了一些食物的医药性能，前面提到在医药的朦昧时期，当野牛还是人类的天敌的时代，藏胞就已经知道“有毒就有药”的道理，这就是在寻找食物的过程中，因中毒而导致某些病痛的解除，从而发现药物的过程。早期的药物如酒糟、热酥油止血和治外伤等等，都是在生活过程中逐渐学会的。这是药物知识的积累过程。

    最早的医学著作《医学大典》和《无畏的武器》，由于早已遗佚，无从查考，但其中必然有药物方面的内容，当无疑问。现存最古的医著，公元八世纪上半占叶成书的《月王药珍》中，已经载有药物７８０种，其中植物药占一半以以，达４４０多种（占５６。４％），动物药２６０多种（占３３。３％），其余８０种（占１０。２％）是矿物药。书中所载的药物，主要是结合疾病来论述的，也有一些专章专门讨论象五灵脂、硫磺以及粉剂、膏剂、汤剂等各种制剂及具体药物，也曾偶尔提到一点带理论的东西。但总地说来，当时的药物学还处在比较初级的阶段。

    同一世纪下半叶的《四部医典》既是藏医基础理论的奠基作品，又是在藏药学方面打下坚实基础的经典著作。书中提到的药名，在１０００种以上，对许多药物的来源、质地、贵重珍宝药、石类药、土类药、木类药、精华类药、湿生常用的药物。这部古典著作还把药物按其治病的作用分成十七类，即治热性病药、治赤巴病药、治血病药、治瘟疫热性培根病药、治隆病药、治寒性培根病药、治黄水病药、治虫病药、治腹泄药、治尿病药、催吐药、下泻药等。

    这部书中应用五行学说，对药物学提出了一套理论。首先，它得出一切药物都来自五源，即土、水、火、风、空。土为药物生长的依靠和根本、水为药物生长所必需并使其潮湿、火为药筹措生长之热能、风是药物活动和运行的动力，空为长物生长发育所必需之空间。而药物的六味也来自这五源的不同结合，如土与水结合生出甘味、火与土结合生出酸味、水与火结合生出咸味、水与风的结合生出苦味、火与风结合生出辛味、土与风的结合生出涩味。

    藏医还诊断，药物有八性，即重、润、凉、钝、轻、糙、热、锐。重与钝两者能医治隆病和赤巴病，轻、糙、热、锐的药物能治疗培根病；而轻、糙、凉的药物能诱发隆病；热、锐、润能诱发赤巴病；而重、润、凉、钝四性的药物则能诱发培根病。