在此次全国科技外事工作会议上，徐冠华对新时期国际科技合作工作做了总体部署。他要求，“十一五”期间，国际科技合作要紧紧围绕建设创新型国家的总体目标和《国家中长期科学和技术发展规划纲要(2006-2020年)》(以下简称《规划纲要》)的重点任务与要求，围绕一个中心，服务两个大局，取得三个突破，实现五个转变。

　　“围绕一个中心”，就是要以提高我国自主创新能力为中心。

　　“服务两个大局”，就是服务于社会主义现代化建设和国家外交工作两个大局。

　　“实现三个突破”，就是要在拓展合作领域、创新合作方式、提高合作成效方面取得新突破，为促进科学技术发展、经济结构调整和转变增长方式、提高国家竞争力做出贡献。首先，在拓展合作领域方面取得新突破。其次，在创新合作方式方面取得新突破。要加大重点领域、关键技术的合作研发，将重点任务纳入双边、多边政府间科技合作协议中，合理分享知识产权及研发成果；要重点扶持中外合作研发机构的建立，包括共建企业研发机构，创建一批国际科技合作研发基地；要扩大技术输出和技术转移，通过合作研究、联合调查、技术培训、科技援助等多种形式，促进技术及产品的出口，推动科研机构和企业“走出去”；要积极参与国际大科学计划和大科学工程，启动并组织实施好由我国主导的大科学计划和大科学工程；要积极参与国际组织及其活动，鼓励我国科技人员到国际组织任职，提高我国科技的国际地位和影响。第三，在提高合作成效方面取得新突破。要取得一批创新成果，自主拥有或分享知识产权，大幅度提高我国科技研发在国际学术界、科技界的地位和影响力；利用全球科技创新资源(包括人才、资金、技术、设备等)方面取得实质性进展，加快我国高新技术产业化，培育和壮大我国高新技术产业。

　　“实现五个转变”，就是在合作目标上，从一般性国际科技合作，向以《规划纲要》为指南、以需求为导向的国际科技合作转变；在合作方式上，从注重项目合作向整体推进“项目?D人才?D基地”相结合转变。要切实改变以往重项目合作，轻资源集成和人才培养的现象。通过构建“项目?D人才?D基地”三位一体、相互依托、互为促进的国际科技合作新模式，实现国家、部门、地方、企业等资源的有机结合，实现人才、资本、技术等创新要素的高效集成，实现国际科技合作与区域创新体系乃至国际创新体系的有效衔接；在合作内容上，从一般的技术引进向“引进来”与“走出去”相结合的国际科技合作转变。积极创造条件，吸引国外知名科研机构和大学的科研人员与国内同行在基础科学和前沿领域开展合作研究，鼓励国际风险投资、咨询机构参与国内创新创业和产业化。支持有条件的企业和科研机构到海外建立研发基地，组建研发战略联盟，多形式、多渠道开展创新合作，提高核心竞争力，开拓发展空间。支持我国科学家参与更多的国际大科学计划和大科学工程合作，增强在国际学术界的影响力；在合作主体上，从以政府和科研机构为主，向政府引导、多方共同参与的格局转变；在任务确立上，从自下而上的立项机制，向以《规划纲要》为导向的自上而下的立项机制转变。