中医理论在中药现代化与新药研发中的指导地位和作用是肯定的，是不可或缺的。熟悉并掌握中医药理论，我们就能在中药现代化与新药研发的实践中，做到游刃有余，多快好省。但应当指出，这里我们认同的中医理论概念应该是上述的广义的中医理论概念，而不应局限于传统的、狭隘的中医理论；我们所指的指导作用既包括严格意义上的理论指导，更应包括基于中医药理论、经验和研究成果的各种提示、参考和延伸等。

     今天，我们强调中医理论的指导作用，不需要非得写在纸上，不需要常常挂在嘴上，事实上，在中药研究与应用的实践中，无论是中医药学者还是西医药学者，无论是中国人还是外国人，都自觉或不自觉地将自己的思维和行为置于中医理论指导下或置于中医临床经验和中医药现代相关研究成果的基础之上。如“阴盛阳衰”、“热者寒之，寒者热之”、“虚者补之，实者泻之”、“痛则不通，通则不痛”等中医法则早已深入国人之心；从中药和天然药物中筛选增强免疫力药物，首选滋补类中药；筛选心血管药物，则首选活血化瘀类中药，等等。这些经验、知识和感觉早已成为国人和洋人的共识和财富。

    此外，应用中医理论指导中药研究与应用不要讲求亦步亦趋，不要貌合神离，不要生拉硬扯。因为传统中医理论大多数是一些宏观的、抽象的、朴素的定律和法则，与注重微观的、具体的、还原的、循证的现代科学技术难以形成有效的对接和沟通。

    中药复方药效物质研究与提取分离工艺最应体现中医理论的指导，但却又最难以体现中医理论的指导。在这一阶段，中医理论指导如果没有得到很好的贯彻和体现，那么中医临床辨证施治的物质基础就有可能丧失。除非该制剂是经典方、经典工艺，而不采用现代提取。

    新近出台的《药品注册管理办法》（试行）对“中医理论指导”有淡化的倾向。以单味甚至复方中药的有效提取物开发中药新药，可以不提供“中医药理论阐述”资料。长此以往，中药新药的传统中医内涵将逐步丧失，同时也难以遏制“洋中药”的大肆入侵。这是一个值得重视的问题。

    我国加入WTO后，中医药国际化将面临着两个问题：一是如何让中医药真正走向世界；二是如何有效地应对“洋中药”的冲击？我们认为，抵御“洋中药”对我国医药市场的“入侵”甚至比让中药走向世界更具有挑战性和现实意义。当今，“洋中药”一方面将大肆挤占国内医药市场，同时打压我国中医药在国际市场的空间。如何保护民族医药工业、实现中医药可持续发展，已是一个迫在眉睫的大课题，目前国内尚未找到有效的应对策略和措施。

    作为祖国医药宝库的精髓，在应对“洋中药”大肆进口的反击战中，中医药理论及其相关研究成果可以起到桥头堡、护身符和杀手锏的作用，可用以制定中医药、植物药国际技术贸易措施，营造一个缓冲地带，为民族医药工业发展赢得宝贵时间和空间。

    当务之急就是要做好“一个标准、一个法规、一个专利”。具体来说就是：一是制定具有中国特色并符合国际规范的现代中药质量标准体系；二是制定既符合中国国情又不违反国际惯例的药品注册管理办法，有一定的“外严内松”的倾向；三是申报好中医药及其相关产品的专利，保护我国民族医药知识产权。在制定相关标准和法规时，可以通过突出中医药理论指导或强化中医药学的科技文化内涵建设（包括处方依据、用药历史习惯和经验、复方配伍关系、药物相互作用、洋中草药来源及其安全质量标准、洋中药的药材道地性、洋中草药GAP基地建设等），这样做一方面将是基于保护我国国民、动植物和生态环境安全的需要，同时将有效地缓冲洋中药的长驱直入；此外，可在一定程度上改变洋人对中医药的偏见，使洋人对中医药理论变歧视为正视，变被动适应为主动适应，有助于传统中医药文化的国际交流和传播。