中药指纹图谱现已成为研究中药制剂乃至世界各国植物药制剂的物质基础和作用机制的一种新模式研究体系。指纹图谱除了包括通常所说的和化学成分相关的色谱、光谱指纹图谱外，还包括其他类多维多息中药生物指纹图谱，如基因组学指纹图谱和蛋白质组学指纹图谱等。中药指纹图谱能较完整地表征中药制剂复杂的物质基础(化学成分群)的大量信息，同时，也能够表征各种药理活性和药效作用(包括临床疗效)；反过来，比较不同蛋白质组学指纹图谱体现的不同药效结果，就可确定何种物质基础(化学成分群)是该中药制剂的最佳方式，此时这张指纹图谱不但包含了化学信息，也体现了和此相关的药效、临床疗效等生物医药信息，这就是多维多息指纹图谱的含义。

    中药生物指纹图谱包括：中药基因组学指纹图谱、中药蛋白组学指纹图谱和中药材DNA指纹图谱。其中中药基因组学图谱和蛋白质组学指纹图谱系指用中药制剂作用于某特定细胞或动物后，引起的基因或蛋白的特定构象。这两种指纹图谱可称为生物活性指纹图谱。

    目前，中药基因组学和蛋白质组学有关指纹图谱的研究工作正在开展。由于宏观上中药作用靶点和作用机制的多样性及对基因作用的多样性，中药蛋白质组学指纹图谱，可在分子水平上丰富整个中药指纹图谱研究体系。无论是中成药二次开发，还是中药新药研究，都有一个关键问题需要解决--逐步在分子水平上研究解决化学成分(物质基础)和药理作用、药效活性的相关性。而其中，通过蛋白质组学的研究得到的蛋白质组学指纹图谱又具有很高的说服力。从中药新药研究出发，可在开始研究阶段，即同时进行化学成分指纹图谱和蛋白质组学指纹图谱的研究，一举达到建立同时体现化学和分子生物药效信息的蛋白质指纹图谱。这样，中药新药开发研究乃至整个中医药理论将会增添更多的方法和内容，实现中医药理论质的飞跃。