近年来，各地对生物医药孵化器的支持力度逐年加大。但是，北京中关村生命科学园生物医药科技孵化有限公司总经理朱仁英、项目经理王辰在研究中发现，中国大部分生物医药孵化器在建设和管理上仍然延续传统综合性孵化器的模式，运行效率不高，资源浪费，不能发挥出推动相关产业规模、促进科技成果转化的功能。研究资料表明，当前中国的生物医药孵化器主要存在以下一些问题：

    一、专业孵化器在投资比较大的同时还要面临赢利性和服务性的有机结合。这就造成了资金的不足。

    二、目前中国的大多数孵化器专业服务体系不健全，使入驻企业很难从承办者的资源中得到真正意义上的专业技术服务。

    三、目前中国大部分孵化器是由政府投资支持兴建，孵化器管理者也是由政府任命，这样的管理队伍缺乏专业性。

    四、专业孵化器是由政府投资，而作为企业化经营的专业孵化器在经营活动中有两个主要内容：为入孵企业提供高水准的专业技术支持服务；完成自我研发项目。对于孵化器来讲，要为企业提供服务的最基本条件是要有专业的仪器设备，有高水平的专业队伍，这就决定了孵化器要承担较高管理运行成本。因此，生物医药孵化器自身必须具备一定的研发能力，通过研发项目的转让收入，维持正常运行所需的资金要求。专业孵化器的技术支持服务只有通过不断项目研发以掌握最新最先进的技术方法，为入孵企业提供更优质的专业技术服务，而目前中国大部分生物医药孵化器不具备自主项目研发能力。